1992年，由于日职联的成立，赛会决定举办第一届“联赛杯”作为新旧制联赛的过渡，亦被视为日职联前哨战[3]。而往后的赛事将在联赛展开期间举行，但由于1995年日职联变革，当年并没有举办“联赛杯”。
第一届赛事由于被视作前哨战，由“日职联创始10队（日语：オリジナル10）”参加。至于1993年、1994年、1997年、1998年的赛季，则由日职联全部球会及有意加入日职联的准加盟球会参赛。到了1999年，日乙成立，联赛杯改由“J1”及“J2”两个级别的全部球队以主客制淘汰赛形式进行，而决赛则以一场过在中立场举行，而这个赛制维持至2001年赛季。到了2002年，日本职业务足球联盟（日语：日本プロサッカーリーグ (法人)）开始参考欧洲模式的“联赛杯”，为赛事进行改革。同年，由于“J2”的联赛赛事改为四循环，在赛事过密情况下，“联赛杯”改为只由“J1”球队参加，并以“先分组赛，后淘汰赛”形式进行，以维持赛事数目。
一般情况，决赛会以一场过进行，而决赛地点在东京的国立霞丘陆上竞技场上演（但1994年的决赛却在神户的世大运纪念体育场举行。而由于1997年的决赛以主客制上演，该届赛事并没有安排在国立霞丘陆上竞技场进行）。
由2007年开始，优胜队伍将得翌年夏季举行的骏河银行锦标赛参赛资格。
2010年5月，由1992年第一届赛事举行以来，入场人数突破1000万。而同年10月，“联赛杯”亦举行了1000场赛事。
在2012年，适逢“联赛杯”踏入第二十届，赛会向“健力士世界纪录”申请“由同一赞助商赞助最长时间的杯赛”的世界纪录[4]，并于2013年得到确认[5]。而赛事的冠军奖金为1亿日圆，亦是体育大会方面的世界最高金额纪录，并得到健力士公认。
由于山崎Nabisco在1970年成立时就与纳贝斯克签订，长达46年的生产协议于2016年到期后不再续约，山崎Nabisco由同年9月1日起更名为山崎饼干，“日职联山崎Nabisco杯”亦在8月31日起改以山崎饼干旗下Levain饼干冠名，称作“日职联YBC Levain杯”。新名字于同日开始的2016球季八强赛事开始使用。